Dinas Perhubungan Administrasi Jakarta Pusat terbentuk sebagai implementasi otonomi daerah DKI Jakarta pasca diterbitkannya Undang-Undang Pemerintahan Daerah pada awal tahun 2000. Awalnya unit ini berada di bawah Dinas Perhubungan Provinsi DKI Jakarta, kemudian pada tahun 2001 dilebur ke dalam struktur Pemerintahan Kota Administrasi Jakarta Pusat sebagai Suku Dinas Perhubungan dan Transportasi. Berkantor di Jalan Kesehatan Raya, Suku Dinas ini sejak awal bertugas mengendalikan tata lalu lintas, mengelola angkutan darat perkotaan, serta mengawasi pelaksanaan kebijakan transportasi di wilayah Gambir, Menteng, Tanah Abang, dan Johar Baru. Seiring perkembangan kota, perannya semakin berkembang dengan terintegrasinya sistem bus TransJakarta, MRT, dan inisiatif transportasi hijau. Pada dekade berikutnya, Suku Dinas Perhubungan Jakarta Pusat bertransformasi menjadi Dinas Perhubungan Administrasi Jakarta Pusat, memfokuskan diri pada digitalisasi layanan perizinan, pengawasan parkir terpadu, serta kolaborasi lintas sektor untuk mewujudkan mobilitas urban yang aman, tertib, dan ramah lingkungan.